Lo marroncillo como dices, creo que son algas que les suelen salir a las Vallisnerias y sobre todo a las anubias por un exceso de iluminacion o tubos deficientes.
Podrias crear dentro del acuario dos zonas, una de penumbra para que debajo estén el helecho de java que no requiere mucha luz, mas bien muy poca y las anubias idem de lo mismo.
Para hacer esas zonas, puedes tapar parte de los fluorescentes con algún tipo de plástico opaco, eso hará que esas zonas de los tubos, no dejen pasar la luz hacia abajo y a las plantas solo les llegará desde los lados y mas bien poca. Esto les ayudará mejor que cortar esos trozos marroncillos.
Como tapar un poco los tubos para evitar el problema.
http://www.islajardin.com/foro/viewtopic.php?t=960&postdays=0&postorder=asc&start=30 
Las manchas marrones que vés en tus plantas son como las de las hojas del Hechinodorus ?
